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La région a été occupée à partir du III e siècle avant J.-C., comme en témoignent les nombreux sites archéologiques (65 recensés) dans un rayon de 5 km autour de la ville actuelle. Les plus importants sont Kaniana, Tonomba et Djenné-Djenno, considérée comme la ville ancienne de Djenné.

La ville de Djenné a été construite à proximité de Djenné-Djenno à la fin du ⅠⅩe siècle par des Bozos. Une légende raconte qu’une jeune fille nommée Tapama Dienepo fut enfermée vivante dans le mur d’enceinte de la ville afin de protéger la cité et en assurer la prospérité.

En 1280, le roi Koi Koumboro se convertit à l’Islam et fait construire à Djenné sa prestigieuse mosquée. Au ⅩⅠⅠⅠe siècle, la ville est intégrée à l’empire du Mali.

En 1443, elle est conquise par les Touaregs puis par l'Empire songhaï en 1470. En 1591, le Maroc s’empare de Djenné. En 1670, Djenné appartient au Royaume bambara de Ségou.

Djenné est conquise par Sékou Amadou (Empire peul du Macina) en 1819, puis par l’Empire toucouleur d’El Hadj Oumar Tall en 1862 avant d’être prise par les troupes de Louis Archinard en 1893 lors de la pénétration coloniale française et intégrée au Soudan français.

La ville a été au cours de son histoire au cœur de l’expansion de l’Islam en Afrique noire.

Djenné a toujours été un carrefour pour le commerce transsaharien. Les marchandises en provenance du nord, notamment les bijoux et le sel gemme, s’échangeaient contre les produits du sud, les noix de cola, l’or et l’ivoire. De nos jours encore, le marché qui se tient chaque lundi est le plus important de la région.